Компания НЭПТ была основана в 1999 году специалистами и руководителями нескольких крупных московских строительных организаций. С 2003 года компанию возглавляет ее единственный акционер – Николай Дмитриевич Костючков.
Первые объекты компании – коммерческие банки, промышленные и логистические предприятия, торгово-развлекательные комплексы. С 2004 года НЭПТ приступил к работе на атомных электростанциях.
В 2005 году открывается первый филиал – в городе Нововоронеж Воронежской области, рядом с одной из крупнейших атомных электростанций – Нововоронежской АЭС. На базе филиала созданы строительно-монтажное управление и производственное подразделение общей численностью более трехсот человек. Компания приступает к производству металлоконструкций и вентиляционных изделий. Формируется основной на тот момент профиль деятельности –инженерно-технические системы физической защиты для особо охраняемых объектов.
В 2006-2009 годах растет количество обособленных подразделений и филиалов. Открываются строительно-монтажные участки в Ростовской, Смоленской, Свердловской, Курской, Калининградской, Тверской, Кировской областях. Подразделения оснащаются современной строительной техникой и механизмами, в штат принимаются квалифицированные инженерно-технические работники и опытные монтажные бригады. НЭПТ становится одной из ведущих компаний, обеспечивающих проектирование, монтаж, наладку комплексных систем безопасности атомных станций.
В 2008 году НЭПТ приступает к выполнению функций генерального подрядчика и генерального проектировщика. Капитальное строительство становится основным направлением деятельности компании. Развиваются отношения с ключевыми заказчиками: кроме атомных станций, в их число входят другие предприятия атомной отрасли, подразделения Газпрома, РусГидро, Мосводоканала, крупных финансовых и инвестиционных компаний.
В настоящее время деятельность компании формируется в четырех основных дивизионах: архитектура и проектирование, капитальное строительство, системы безопасности, системы промышленной вентиляции. Конструкторские бюро разрабатывают новую продукцию, обладающую уникальными на российском рынке характеристиками, в том числе волоконно-оптические, радиоволновые и емкостные средства обнаружения, системы нелетального электрошокового воздействия, системы промышленной вентиляции и кондиционирования. Данная продукция получает высокую оценку у эксплуатирующих служб предприятий. Компания выходит на международный рынок, успешно завершив монтажные работы при реконструкции сербской ТЭС «Углевик».